אורי הוא מוזיקאי מחונן בן ארבע-עשרה. הסיפור מתחיל כשהוא עובר לגור ביפו עם הוריו ומתחיל ללמוד בבית ספר אינטגרטיבי שהאג'נדה שלו היא קירוב לבבות בין יהודים וערבים באמצעות אומנות. תוך כדי הקריאה נחשפים מתחים בין אוכלוסיות שונות בחברה הישראלית בכלל, וביפו בפרט. הראשון בהם הוא הקונפליקט בין יהודים וערבים. ביתה החדש של המשפחה הוא בית גדול ומטופח, ומתיאור המסדרון המקושת שמוביל אל הסלון אנחנו משערים שמדובר בבית ערבי ישן. את ההשערה מחזק התיאור הבא: "בדרכו הביתה עבר ליד הבית של הפסלת המפורסמת, וזה של המשורר בעל השם הבינלאומי, וראה גם את הבית ההוא, על הגבעה, שבו התגורר זוג הקולנוענים שיצא מהארון לאחרונה. העיניים של אבא הצטעפו בכל פעם שחלפו לידם, מחשבות מטרים רבועים ושווי נכס. אבל אורי הצליח לראות רק את הבקתות, קטנות ואחידות בעליבותן, ממלאות את הרווחים בין המבנים המפוארים."
נוסף לקונפליקט בין יהודים וערבים, קיים ביפו גם קונפילקט בין עניים לעשירים. אורי גיבור הספר שייך לעשירים, כך גם דן מצגר הנער שמציק לו. דן מצגר (תמיד "דן מצגר" אף פעם לא "דן" בלבד), הוא בנו של שופט ונהנה מפרוטקציה בבית הספר בזכות כספה וקשריה של משפחתו. גלית, נערה איתה מתיידד אורי, היא נערה שלא נהנית מתמיכה הורית ואין לה גב כלכלי או מעמד חברתי שהיא יכולה להסתמך עליהם בפילוס דרכה בחיים. אורי מתיידד עם גולן, קבלן ניקיון חובש כיפה. בעוד אביו של אורי הוא הייטקיסט, אביו של גולן היה מוכר ירקות בשוק הכרמל. אורי הוא בן יחיד וגולן גדל במשפחה מרובת ילדים.
תוך כדי קריאה לעתים יש תחושה לא נוחה שהדמויות סטראוטיפיות. אפיק נשאלה על כך בריאיון שערכה איתה חמוטל לוין בטיים אאוט: "את לא חפה מסטראוטיפים: עורך הדין שחושב שהכסף יקנה לו הכל, הגבר המזרחי… המשפחה הערבית שדוחה את הבן ההומו." אפיק השיבה: "לפעמים גם סטריאוטיפים מתקיימים. היו כמה אנשים שראיתי בעיני רוחי כשכתבתי, והם הרגישו לי אותנטיים. גם הסיפור על המשפחה הערבית שהגיבה כך לגילוי על הבן ההומו מבוססת על סיפור אמתי, ואין טעם להעמיד פנים שדברים כאלה לא קורים."
אורי, שסובל בבית הספר מהצקות ובבית מהתנכרות אביו, מוצא בגולן דמות של אח גדול או אב. גולן מלמד אותו להיות "גבר", לעמוד על שלו, להתמודד עם המציקים, ואפילו איך להנחית אגרוף מחץ באפו של דן מצגר. אט אט מכניס אותו גולן לפעילות בארגון ימני קיצוני שמתכנן טבח בתלמידים הערבים של בית הספר. בתהליך מפחיד הופך אורי, "ילד טוב מבית טוב, ללא עבר פלילי" לילד ששיקול הדעת שלו משובש והוא מוכן לסייע להוציא לפועל טבח בבית ספר.
אחד מתפקידיה של הספרות, במיוחד ספרות נוער, היא לפתח מודעות חברתית ולעורר מחשבה על סוגיות פוליטיות. "לנקות את יפו" עוסק באומץ רב בסוגייה פוליטית שנויה במחלוקת, בצד התייחסות לקונפליקטים חברתיים. זהו ספר שעוסק בכאן ועכשיו ומנכיח קבוצות אוכלוסייה שבדרך כלל אינן מופיעות בספרי נוער.
